گذراندن دوران سطوح عالى حوزه ، در دروس خارج فقه و اصول مراجع بزرگوار آن سامان چون : آيت اللّه شيخ ضياءالدين عراقى ، آيت اللّه شيخ محمد حسين نائينى و آيت اللّه سيد ابوالحسن اصفهانى ( رحمت اللّه عليهم ) شركت نمود . وى براى كسب فضايل اخلاقى و ملكات نفسانى و خودسازى ، سالها از محضر استاد معروف اخلاق حوزهء علميه مرحوم آيت اللّه قاضى ( ره ) استفاده كرد . ايشان پس از سالها تلاش و مجاهدت براى كسب فضايل و معارف اهل بيت ( ع ) در حوزهء علميهء نجف اشرف به مقام رفيع اجتهاد نايل آمد ، بيش از ده نفر از مجتهدين نجف اجتهاد وى را تأييد كردند و اجازهء اجتهاد به ايشان دادند . بازگشت به وطن آيت اللّه افشار پس از رسيدن به قلهء اجتهاد تصميم گرفت به افغانستان باز گردد . در مسير باز گشت از ايران ، عده‌اى از علماى تهران براى تدريس در مدرسهء « مروى » اين شهر از آيت اللّه افشار دعوت به عمل آوردند تا براى تدريس و تبليغ در اين شهر ساكن شود . اما چون حضور ايشان در كابل بيشتر مورد نياز بود ، اين تقاضا را رد كرد و راهى كابل شد . ورود ايشان به كابل همزمان است با حكومت ظاهر شاه و نخست وزيرى عمويش « هاشم خان » كه مخالف علم و دانش و علماى دين بود ، احتمال آن مىرفت كه دولت ، وى را قبل از رسيدن به كابل دستگير كند . لذا مرحوم آيت اللّه افشار مخفيانه وارد كابل شد ، پس از مدتى اقامت در كابل ، مردم شهر مزار شريف از حضور آيت اللّه محمد امين افشار مطلع شدند ، لذا با احترام از ايشان در اين شهر دعوت به عمل آمد و ايشان چند سالى را در شهر مزار شريف به تدريس و تبليغ مشغول شدند . بعد از بر كنارى « هاشم خان » و آزادى نسبى ، مرحوم آيت اللّه افشار پس از 6 سال اقامت در مزار شريف به كابل برگشت .